2'-O-methyl-rA(N-Bz)phosphoramidit

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit er en modificeret phosphoramiditmonomer, der kan bruges til oligonukleotidsyntese. 2'-O-methyl-modifikationen giver betydelig nuklease-resistens over for oligonukleotider, mens hydrogenbindingsegenskaberne af RNA/RNA-duplekser bevares mere trofast end DNA/RNA-hybrider. I RNA-interferens (RNAi)-applikationer er 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit ofte inkorporeret i sense- og antisense-strengene af små interfererende RNA (siRNA)-duplekser for at øge serumstabiliteten og reducere off-target-effekter uden at kompromittere RNAi-aktivitet. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit tjener også som en kritisk byggesten i den kemiske syntese af RNA-oligonukleotider indeholdende stedspecifikke 2'-O-methyladenosin-modifikationer; de beskyttende grupper (DMT ved 5′, Bz ved N6, CE-phosphoramidit ved 3′) tillader trinvis samling af RNA-strenge med høj troværdighed og kontrol på automatiserede DNA/RNA-synthesizere. Ud over RNA-terapi har 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit fundet anvendelse i syntesen af ​​fosfatforgrenede RNA-modeller til undersøgelse af usædvanlige RNA-arkitekturer og i fremstillingen af ​​termisk stabiliserede fluorescerende oligonukleotidprober.

Produktparametre

Hvorfor Cosperpharm? – Vores konkurrencefordele

Produktfordele

1. 2'-O-Methyl-modifikation til nuklease-modstand og termisk stabilitet

2'-O-methyl-modifikationen i ribose-2'-positionen er en af ​​de mest omfattende validerede kemiske modifikationer inden for oligonukleotid-terapi. Oligonukleotider, der inkorporerer 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit, udviser markant øget resistens over for endo- og exonukleaser sammenlignet med umodificeret RNA, med forbedret termisk stabilitet af RNA/RNA-duplekser (øget Tm) uden at kompromittere Watson-Crick-specifikiteten. Denne modifikation er blevet implementeret med succes i FDA-godkendte oligonukleotidlægemidler og adskillige kandidater i klinisk fase.

2. N6-Benzoyl-beskyttelse til High-Fidelity-syntese

Benzoyl-(Bz)-beskyttelsesgruppen på den exocykliske N6-amin i adeninbasen forhindrer uønskede sidereaktioner under phosphoramidit-koblingscyklussen, såsom forgrenings- eller kædetermineringshændelser forårsaget af depurinering eller acylering. Bz-gruppen fjernes rent under standard oligonukleotidafbeskyttelsesbetingelser (koncentreret ammoniak, 55°C, 8-16 timer eller AMA), hvilket giver den native adeninbase uden påviselige biprodukter.

3. C3′-Endo Sugar Conformation Pre-organization

2'-O-methyl-substitutionen låser ribosesukkeret i en C3'-endo (nord) konformation - den samme konformation adopteret af RNA i A-form duplekser. Denne konformationelle præ-organisation reducerer den entropiske straf ved hybridisering til komplementære RNA-mål, hvilket resulterer i højere bindingsaffinitet (højere Tm) for 2'-O-methyl-modificerede oligonukleotider i forhold til DNA eller umodificeret RNA af samme sekvens.

4. Standard beskyttelsesgruppekompatibilitet til automatiseret syntese

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit bærer de samme 5'-O-DMT- og N6-Bz-beskyttelsesgrupper, som anvendes i standard-RNA-phosphoramiditter, sammen med en β-cyanoethyl (CE)-phosphoramidit i 3'-positionen. Dette design sikrer problemfri integration i eksisterende automatiserede DNA/RNA-synthesizer-arbejdsgange uden at kræve specialiserede afbeskyttelsesprotokoller eller modificerede koblingsbetingelser.

5. Bred terapeutisk nytte på tværs af oligonukleotidplatforme

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit bruges på tværs af flere oligonukleotid-terapeutiske platforme: siRNA (sense- og antisense-strengmodifikationer), antisense-oligonukleotider (ASO'er) til gendæmpning, aptamerer til målrettet levering og diagnostiske RNA-diagnostik og modificerede RNA-diagnostik. 2'-O-methyl-modifikationen bruges også i vid udstrækning i CRISPR-Cas guide-RNA'er for at øge stabiliteten og redigeringseffektiviteten.

Applikationsscenarier

1. siRNA Terapeutisk udvikling

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit bruges til at introducere 2'-O-methyladenosin-modifikationer i sense- og/eller antisense-strengene af små interfererende RNA (siRNA)-duplekser for at øge serumstabiliteten, reducere off-target-effekter medieret af RNAi-strengens belastnings-, immunostimulations-, og immunostimulations-maskineri (passagerimulations-, RNAi- og immunsystem). (TLR7/8 aktivering). 2'-O-methyl-modifikationen er en standardkomponent i mange klinisk avancerede siRNA-platforme.

2. Fremstilling af antisense oligonukleotid (ASO).

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit er bredt inkorporeret i antisense-oligonukleotider til gendæmpningsapplikationer. 2'-O-methyl-modifikationen bibringer nuklease-resistens over for ASO'er i biologiske væsker og øger bindingsaffiniteten til komplementære RNA-mål uden at forstyrre RNase H-medierede spaltningsmekanismer (når de er placeret i 2'-O-methyl/2'-deoxy gapmer-designs).

3. Kemisk syntese af RNA-oligonukleotid

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit tjener som en byggesten til den kemiske fastfasesyntese af RNA-oligonukleotider, der indeholder stedspecifikke 2'-O-methyladenosinrester. Beskyttelsesgrupperne (5′-O‑DMT, N6‑Bz, CE-phosphoramidit) er kompatible med standard RNA-syntesecyklusser og afbeskyttelsesbetingelser (NH₃, 55°C, 8-16 timer eller AMA), hvilket muliggør sømløs integration i etablerede syntese-workflows.

4. Fluorescerende oligonukleotidprobedesign

2'-O-methyl-modifikationer forbedrer den termiske stabilitet af fluorescerende prober (f.eks. molekylære beacons, TaqMan-prober), der anvendes i real-time PCR og in situ hybridisering. 2′-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite muliggør introduktion af stabiliserende modifikationer i probesekvenser, hvilket øger signal-til-støj-forholdet og muliggør mere robust påvisning af RNA-mål med lav overflod.

5. Aptamerudvikling Kemisk modificerede aptamerer, der inkorporerer

2'-O-methylnukleotider udviser forbedret nukleaseresistens, forlænget in vivo halveringstid og øget målbindingsaffinitet sammenlignet med umodificerede RNA-aptamerer. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit er en nøglebyggesten til generering af 2'-O-methyl-modificerede aptamer-biblioteker via fastfasesyntese.

6. CRISPR-Cas Guide RNA (gRNA) Modifikation

2'-O-methyl-modifikationer placeret på specifikke positioner i CRISPR-Cas gRNA'er kan øge stabiliteten, reducere immunogenicitet og forbedre redigeringseffektiviteten i celler og in vivo. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit muliggør den stedspecifikke introduktion af 2'-O-methyladenosinrester i kemisk syntetiserede gRNA'er.

7. Fosfatforgrenet RNA-forskning

Forskere, der studerer usædvanlige RNA-arkitekturer, såsom phosphat-forgrenet RNA, bruger 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit til at fremstille modeloligonukleotider indeholdende en enkelt fri 2'-OH-gruppe til undersøgelse af den hydrolytiske stabilitet af photriologiske forgrenede bindinger under fysiologiske forgrenede betingelser.

8. Termiske stabilitetsundersøgelser af modificerede oligonukleotider

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit anvendes i systematiske undersøgelser af den termiske stabilitet (Tm) af modificerede oligonukleotid-duplekser, herunder karakterisering af positionseffekter af 2'-O-methyl-modifikationer på duplex-smeltetemperatur og hybridiseringstermodynamik.

9. Fastfase-oligonukleotidsyntese

Procesudvikling Proceskemikere og oligonukleotidsyntesespecialister bruger 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit til at optimere koblingsbetingelser, afbeskyttelsesprotokoller og oprensningsmetoder til storskala fremstilling af 2'-O-methyl-terapeutisk modificeret nukleinsyre. Cosperpharm leverer batchspecifikke analytiske data til støtte for procesvalidering og opskaleringsaktiviteter.

10. Udvikling af analysemetoder til kvalitetskontrol af oligonukleotid

2′-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit bruges som referencestandard i udviklingen af HPLC- og LC-MS-metoder til kvantificering af modificeret nukleosidindhold i oligonukleotidlægemiddelstoffer og lægemiddelprodukter samt til identifikation af synteserelaterede urenheder (f.eks. phosphitoxidationsbiprodukter).

Kontakt os

Har du brug for pålidelig 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidit med høj renhed til dit næste oligonukleotidsynteseprojekt? Cosperpharms team er klar til at hjælpe med produktspecifikationer, dokumentationsbehov og forsyningskædeløsninger skræddersyet til din applikation.